To af de helt store problemer ved at bruge brint som et energilagringsmedie er, at det fylder meget, og det er eksplosivt. Derfor forskes der i at finde metoder, som er brugbare og ufarlige. I ukomprimeret form fylder brint alt for meget til at kunne transporteres og bruges som energikilde.

Der er forskellige metoder, man kan bruge til at gøre brinten lettere og mindre risikabel at håndtere.

Tryktanke: Brinten kan komprimeres 200 – 300 gange og fyldes på en tryktank. Metoden er ikke særlig effektivt, fordi brinten stadig fylder meget, tankene er tunge og upraktiske, det kræver energi at komprimere brinten, og tryktankene er potentielt farlige f.eks. ved brande og sammenstød mellem biler, der bruger tryktanke.

Flydende lagring: Brint kan også lagres i flydende form ved at køle den ned til -253°C. Det er energikrævende, og brint i flydende form fylder betydeligt mere end benzin.

Lagring i metalhydrider: Metalhydrider er metal, f.eks. natrium og aluminium, i pulverform, som har den egenskab, at det kan binde brinten til sig uden at kræve høj opvarmning. Brint bundet til et metalhydrid er sikkert at håndtere og fylder kun ca. dobbelt så meget som den samme energimængde benzin.

Metanol: Brint kan også opbevares i form af metanol. Metanol er brændbart, men stadig betydelig mere sikkert at håndtere end ren brint. Nogle typer brændselsceller, de såkaldte DMFC-celler, kan bruge metanol direkte.

Brintpiller: En forholdsvis ny metode til at opbevare brint er ved hjælp af den såkaldte brintpille, som er opfundet af forskere på DTU. En brintpille består hovedsageligt af ammoniak, som fremstilles katalytisk ved at kombinere brint med luftens kvælstof. Ammoniakken frigøres fra brintpillen ved opvarmning, og brinten frembringes derefter katalytisk ud fra ammoniakken, før den kan bruges i en brændselscelle. Fordelene ved brintpillen er, at den er helt ufarlig, og den er let at transportere og opbevare.