Agrobrændstof (også kaldet biobrændstof) er i mange politikeres øjne svaret på kravet om at reducere transportsektorens kraftigt stigende forbrug af fossile brændsler. Mange mener endda, at flydende agrobrændstoffer som biodiesel og bioethanol på længere sigt kan erstatte benzin.

Såkaldte 1. generations agrobrændstoffer produceres primært af planter som oliepalmer, sukkerrør, majs, raps og soja. Den stigende efterspørgsel på agrobrændstof fra USA og EU  har allerede nu skabt massive miljømæssige og sociale problemer i Asien, Latinamerika og Afrika. Efterspørgslen på palmeolie har f.eks. medført, at Indonesien og Malaysia har øget  antallet af oliepalmeplantager. Det går ud over regnskoven. Nye opgørelser viser, at 86 % af al afskovning i Malaysia mellem 1995 og 2000 kan tilskrives udvidelsen af oliepalmeplantager. Den samme udvikling tager fart i Indonesien. Konsekvensen er mere skovfældning, hvilket øger den globale opvarmning, ødelægger økosystemer, betyder tab af biodiversitet og truer de oprindelige folks livsgrundlag.  Agrobrændstoffer til europæisk forbrug fremstillet af europæisk biomasse, vil kræve så meget landbrugsjord, at det reelt kun vil kunne erstatte en meget lille del af den benzin og diesel, der bruges i Europa i dag.

Produktionen af 1. generations agrobrændstoffer har også fået fødevarepriserne til at stige. I USA f.eks. har et voksende marked for majs til produktion af bioethanol fået priserne på majs til at stige kraftigt. I oktober 2007 opfordrede FN’s rapportør, Jean Ziegler, til et moratorium for produktionen af agrobrændstof, fordi det presser priserne på fødevarer i vejret. Det har katastrofale konsekvenser for verdens fattige, som vil få endnu sværere ved at skaffe sig tilstrækkelige fødevareforsyninger.

En schweizisk undersøgelse fra 2008 viser endvidere, at f.eks. bioethanol fra amerikansk majs og brasiliansk sukkerrør ligesom biodiesel fra brasiliansk soja, europæisk raps og malaysisk palmeolie har større miljømæssige omkostninger end fossile brændstoffer, når man inkluderer udpining af naturressourcer samt skader på økosystemer og menneskers helbred. Samtidig er der et stort energitab, når biomasse omdannes til bioethanol til biler. Cirka halvdelen af energien går nemlig til spilde, fordi der skal bruges energi til forbehandling, destillation og tørring.

De såkaldte 2.–generationsanlæg, som i øjeblikket er under udvikling, skal producere agrobrændstof på grundlag af biomasse bestående af svært nedbrydelige cellulosefibre. Disse kan komme fra halm og træaffald, der er indenlandske råstoffer. Til gengæld bruger disse anlæg endnu mere energi til fremstillingen af bioethanol. Bruger man i stedet biomassen i kraftvarmeværker, udnyttes mere end 90 % af energien. Altså en langt mere effektiv brug af ressourcerne.

Endelig spekuleres der i 3-generations agrobrændstof, som skal baseres på træer og planter, som er genetisk modificerede, således at deres cellusemasse bliver let nedbrydelig. Det kan betyde en stor risiko for spredning af den genmodificerede arvemasse til andre organismer i vores miljø.

På baggrund af de mange problemer og den forsvindende positive effekt på klimaproblemet betegner flere og flere forskere den store satsning på de såkaldte agrobrændstoffer som en gigantisk misforståelse.