Skyer har en stor effekt på jordoverfladens temperatur. Skyer kan reflektere Solens stråler og på den måde virke afkølende på jordoverfladen. Til gengæld kan skyer holde på varmen om natten i Jordens kolde områder ved at reflektere udstrålingen fra jordoverfladen.

Et varmere klima vil betyde en øget fordampning fra jord- og havoverflade og dermed en større skydannelse. Umiddelbart skulle man tro, at det vil betyde en negativ tilbagekobling, fordi skyerne skygger for Solen. Specielt i varme områder vil det betyde en mindre opvarmning af jordoverfladen. Det skulle altså dæmpe den globale opvarmning.

Men det er ikke sikkert, at det vil gå sådan. Når lufttemperaturen stiger, bliver skyerne nemlig tyndere og dermed dårligere til at reflektere sollyset. Og det er kun lavtliggende skyer, som har en afkølende effekt. Højtliggende skyer har en opvarmende effekt, fordi de lader solstrålerne passere igennem, men reflekterer Jordens varmeudstråling i stedet for at lade den passere ud i rummet

Skyernes rolle er endnu langt fra klarlagt, og det er endnu usikkert, om den negative eller den positive tilbagekobling vejer tungest.