Kyoto-protokollen indeholder tre såkaldte fleksible mekanismer, som giver muligheder for, at andre initiativer end reduktioner af landets egne udledninger, f.eks. gennem energibesparelser og teknologiske omlægninger, tæller med i beregningen af landets reduktionsmål. Disse fleksible mekanismer blev under Kyotoforhandlingerne indført efter et krav fra USA, som så senere trak sig helt ud af forhandlingerne.

Efter vedtagelsen af Kyoto-protokollen har klimaforhandlingerne primært drejet sig om, hvordan disse mekanismer skal fortolkes og gennemføres i praksis. De tre mekanismer er handel med udledningskvoter (emission trading), joint implementation eller JI og endelig den såkaldte Clean Development mechanism eller CDM.

Emission trading
I-landene har en kvote for, hvor meget drivhusgas hvert land må udlede. Hvis udledningen bliver lavere end det tilladte, kan den ubrugte udledningskvote sælges til et andet land, som har sværere ved at nå sine reduktionsmål. Særligt Rusland og Ukraine, der er forpligtede til at stabilisere deres udledning på 1990-niveau, vil formentligt have ubrugte kvoter, fordi industriproduktionen og dermed også udledningen af drivhusgasser er faldet siden Sovjetunionens opløsning, og det ser ikke ud til, at de vil nå at få reetableret produktionen de første mange år.

Spørgsmålet om, hvordan kvotehandelen skal foregå, og hvor stor en del af et lands reduktion der må ske gennem handel med kvoter, har givet anledning til lange forhandlinger. Derfor er det vedtaget, at det først bliver muligt at handle med udedningskvoter fra 2008.

Joint Implementation (JI)
JI betyder, at et i-land kan finansiere projekter, som reducerer eller begrænser udledninger i et andet i-land og få godskrevet udledningsreduktionen på sin eget klimaregnskab. Danske JI-projekter foregår typisk i østeuropæiske lande. Projekterne kan bl.a. være eksport af vindmøller, etablering af biomassekraftværker m.m. Der er ikke noget krav om bæredygtighed for JI-projekter.

Clean Development Mechanism (CDM)
CDM-projekter er projekter i lande, som ikke skal reducere deres udledninger i forhold til Kyoto-protokollen. Det vil i praksis sige alle udviklingslandene. Reglerne siger, at CDM-projekter skal være bæredygtige og skabe reelle, målbare reduktioner. Det i-land, som finansierer projektet, kan så trække udledningsreduktionen fra i landets nationale klimaregnskab, og på den måde opnå en udledningsreduktion, som måske ville være sværere og dyrere at opnå nationalt.