Det væsentligste virkemiddel i den danske klimastrategi er et såkaldt kvoteallokerings- og kvotehandelssystem. Dette system indebærer, at el- og varmeproducenterne samt de mest energitunge virksomheder bliver tildelt nogle udledningskvoter, som de skal holde sig indenfor. Kvoterne bliver sat så lavt, at det bliver nødvendigt for de omfattede virksomheder at skære ned på deres udledninger i forhold til den forventede udvikling i perioden.

Det kan ske, ved at virksomheder, som altså også kan være et elværk eller et varmeværk, laver omlægninger f.eks. i brændselstypen, som betyder mindre CO2-udledninger. Men skønner virksomheden, at det bliver dyrt selv at foretage udledningsreduktioner, kan den forsøge at købe sig til den nødvendige reduktion via det europæiske kvotehandelssystem. Her kan man handle med udledningskvoter på et frit marked, hvor prisen bestemmmes af udbud og efterspørgsel. Ideen med det er, at udledningsreduktioner på den måde kommer til at ske først, hvor det er billigst.

Et firma kan også få såkaldte CO2-kreditter ved at deltage i et JI- eller CDM-projekt, hvor udledningsreduktionen sker i forbindelse med et projekt i et andet land. Det vil være interessant for et firma, hvis det er billigere at opnå udledningsreduktioner ved at investere i et sådant projekt end ved at investere i egne reduktioner eller ved at købe kvoter.

Hvis et firma i perioden 2005 til 2007 udleder mere CO2, end det har fået kvoter til inklusive de kvoter, firmaet evt. har købt via kvotehandel eller ved hjælp af et JI- eller CDM-projekt, får firmaet en bøde på 40 euro eller ca. 300 kr. for hvert ton CO2, der er udledt for meget. I perioden 2008 til 2012 vil bøden stige til 100 euro eller ca. 750 kr. pr. ton.

Der er ikke nogen regler for, hvor stor en del af sit nedskæringskrav en virksomhed må opfylde ved at købe kvoter via EU-kvotehandelssystemet. Det eneste krav er, at kvotekøb overordnet set skal være et “supplement” til egne reduktioner for det enkelte land.