Et andet væsentligt element i den danske klimastrategi er brugen af de såkaldte fleksible mekanismers JI- (Joint Implementation) og CDM- (Clean Development Mechanism) projekter. Sådanne projekter kan enten iværksættes igennem en statslig organisation eller gennem et dansk firma, som på den måde kan skaffe sig reduktionskreditter. Derved kan firmaet reducere tilsvarende mindre i sine egne udledninger.

JI-projekter udført af staten administreres af Miljøstyrelsen i samarbejde med det land, hvor projektet skal udføres. De projekter, der i øjeblikket arbejdes med, er alle placeret i Central- og Østeuropa. Den danske investering i et projekt afregnes pr. ton udledningsreduktion, som projektet fører til.

CDM-projekter udføres i lande, som ikke er pålagt udledningsreduktioner under Kyoto-protokollen. Det vil typisk være fattigere, ikke-industrilande. Sådanne projekter administreres af Danida eller Miljøstyrelsen og fungerer i princippet på samme måde som JI-projekter, idet den danske stat investerer i et projekt i f.eks. et afrikansk land. Den drivhusgasreduktion, som projektet skaber, kan Danmark så bruge som såkaldte udledningskreditter, der kan fratrækkes Danmarks “udledningskonto”, som om Danmark selv havde foretaget reduktioner i sin udledning af drivhusgasser.

Der er endnu ingen, der ved, hvor meget det vil koste pr. ton CO2-reduktion at gennemføre sådanne projekter. Et foreløbigt skøn ligger på 50 til 100 kr. pr. ton. Det vil i de fleste tilfælde være billigere end at gennemføre udledningsnedskæringer inden for Danmark grænser.

Man kunne forestille sig, at Danmark eller andre lande ville kunne opnå hele den udledningsreduktion, de har forpligtet sig til ved hjælp af sådanne projekter, fordi det vil kunne betale sig rent økonomisk. For at forhindre dette, har EU sat en grænse for, hvor stor en andel af sine samlede udledningsreduktioner, et land må opnå ved hjælp af JI- og CDM-projekter. Denne grænse er fra EU’s side foreslået sat til 8 % af et lands samlede udledningskvote.

Det vil i Danmarks tilfælde sige, at ca. 30 % af de samlede reduktioner, Danmark skal foretage, kan ske ved hjælp af JI- og CDM-projekter.