Miljøpåvirkningerne ved at opføre CCS-anlæg og de tilhørende transportsystemer er nogenlunde de samme som ved opførelse af lignende store, tekniske anlæg til for eksempel naturgas. Den vigtigste miljømæssige virkning af opsamling og transport af CO2 er det ekstra energiforbrug, det forårsager.

Opsamling, transport og lagring af CO2 bruger masser af energi. Afhængigt af teknologiens effektivitet skal der bruges mellem 24 og 40 procent af den energi, der produceres på kraftværket. CCS-anlæg på eksisterende værker vil sandsynligvis kræve endnu mere ekstra energi. Regner man med, at der gennemsnitligt skal bruges omkring 40 procent mere energi, betyder det, at der ud over, at der skal brydes og transporteres cirka 40 procent mere kul, også skal opføres næsten to nye kraftværker med CCS-teknologi for hver fire kraftværker, der udstyres med teknologien.

CCS-teknologien betyder altså en kraftig forøgelse af alle de miljømæssige problemer ved kulkraftværker ud over den direkte CO2-udledning. Dette inkluderer deponering af affaldsstoffer som flyveaske og slagger, som blandt andet indeholder tungmetaller og gips fra svovlrensningen.

Hertil kommer, at CCS-teknologien vil betyde et langt større forbrug af en i forvejen presset ressource, nemlig ferskvand. Kulkraftværker udstyret med CCS-anlæg vil bruge cirka 90 procent mere ferskvand end kraftværker uden. Det vil presse en ressource, der i forvejen er stigende knaphed på mange steder i verden. Denne mangel vil forværres og kan medføre, at det mange steder i verden kan blive meget problematisk eller helt umuligt at drive kulkraftværker (med eller uden CCS-anlæg) alene af denne grund.